衍射图样的动态范围通常非常大。对于晶体样品，这个动态范围通常超出了CCD所能记录的大范围。因此TEM通常装备有胶卷暗盒以记录这些图像。对衍射图样点对点的分析非常复杂，植物抗性淀粉扫描电镜检测服务，这是由于图像与样品的厚度和方向、物镜的失焦、球面像差和色差等等因素都有非常密切的关系。尽管可以对格点图像对比度进行定量的解释，然而分析本质上非常复杂，需要大量的计算机来计算。衍射平面还有更加复杂的表现，例如晶体格点的多次衍射造成的菊池线。在会聚电子束衍射技术中，会聚电子束在样品表面形成一个极细的探针，从而产生了不平行的会聚波前，而汇聚电子束与样品的作用可以提供样品结构以外的信息，例如样品的厚度等等。
扫描电镜虽然是显微镜家族中的后起之秀，但由于其本身具有许多的优点，发展速度是很快的。
1 仪器分辨率较高，通过二次电子像能够观察试样表面6nm左右的细节，采用LaB6电子，可以进一步提高到3nm。
2 仪器放大倍数变化范围大，且能连续可调。因此可以根据需要选择大小不同的视场进行观察，同时在高放大倍数下也可获得一般透射电镜较难达到的高亮度的清晰图像。
由于电子的德布罗意波长非常短，透射电子显微镜的分辨率比光学显微镜高的很多，可以达到0.1～0.2nm，放大倍数为几万～百万倍。因此，使用透射电子显微镜可以用于观察样品的精细结构，甚至可以用于观察仅仅一列原子的结构，比光学显微镜所能够观察到的的结构小数万倍。TEM在中和物理学和生物学相关的许多科学领域都是重要的分析方法，如研究、病毒学、材料科学、以及纳米技术、半导体研究等等。
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